У 2004 р. до структури Національного аграрного університету введено цілісний майновий комплекс Державного племінного птахівничого заводу ім. Фрунзе (Запорізька область) як навчально-дослідне господарство.

На базі Кримського державного агротехнологічного університету створено Південний філіал «Кримський агротехнологічний університет» (м. Сімферополь, нині – під окупацією Російською Федерацією) у складі:Кримського агропромислового коледжу; Бахчисарайського будівельного технікуму;Прибрежненського аграрного технікуму (коледжу); Кримського технікуму гідромеліорації та
механізації сільського господарства.

До структури Національного аграрного університету приєднано Український науково-дослідний інститут сільськогосподарської радіології (м. Київ).

Боярському аграрному технікуму за результатами акредитації було надано статус коледжу.