Науково-дослідний інститут здоров’я тварин функціонує з 1 листопада 2001 року. В НДІ об’єднана діяльність науковців, докторантів, аспірантів та студентів на науковий супровід у вирішенні ключової проблеми — забезпечення ветеринарно-санітарного благополуччя, якості і безпеки продукції тваринництва в Україні. До 2008 р. його очолював доктор ветеринарних наук, академік НААН України, заслужений діяч науки і техніки України, професор Хмельницький Г. О. З 2008 р. по 2010 р. інститут очолював доктор ветеринарних наук, член-кореспондент НААН України, заслужений діяч науки і техніки України, професор Мазуркевич А. Й.; з 2011 р. по 2012 р. – доктор ветеринарних наук, професор, лауреат премії уряду Російської Федерації в галузі науки і техніки Недосєков В. В. З жовтня 2012 р. НДІ здоров’я тварин очолював доктор ветеринарних наук, професор, академік НАН ВО України, заслужений науковий працівник НУБіП України Засєкін Д.А. З вересня 2021 року очолює доктор ветеринарних наук, доцент Голопура С.І.