Ніжинський агротехнічний інститут має багатий досвід міжнародного співробітництва із партнерами різних країн. З моменту заснування клубу інтернаціональної дружби в інституті побували представники більше ніж 40 країн світу.

Яскравою сторінкою ввійшла в історію інституту трирічна програма співробітництва між навчальними закладами України та США. Активними учасниками унікального проекту, започаткованого Національним університетом біоресурсів і природокористування України, стали кращі студенти Ніжинського агротехнічного інституту. Їх партнерами в програмі обміну були члени колективу Джефферсон-Скрентон школи штату Айова США.

Нині найтісніші зв’язки інститут має з Індустріально-економічним коледжем ім. академіка Г.С. Сейткасимова (Республіка Казахстан), Маріямпольським коледжем (Литва), м Поліським державним університетом (Республіка Білорусь), Білоруською сільськогосподарською академією, Великолуцькою державною сільськогосподарською академією (Росія), Мар’їногорським аграрно-технічним коледжем ім. В.Лобанка (Республіка Білорусь), Консульським відділом Посольства Республіки Польща в Україні, Відділом преси, освіти і культури посольства США в Україні. Започаткована співпраця з фермерами Південно-Африканської республіки, стосовно технології вирощування бобових.

Інститут співпрацює з такими програмами: «G's Marketing Ltd», S&A, Tunstead, HOPS тощо. Щорічно стажування за кордоном (на підприємствах Польщі та Німеччини) проходять понад 50 студентів інституту.

Молоді науковці спілкуються з представниками програми імені Фулбрайта. Дієвими формами міжнародного співробітництва є науково-практичні конференції, семінари, зустрічі делегацій.