Традиції підготовки фахівців з інженерії та енергетики у Відокремленому підрозділі Національного університету біоресурсів і природокористування України «Ніжинський агротехнічний інститут» започатковані ще 1933 р., адже того часу було створено відділення механізації сільського господарства з підготовки молодших спеціалістів для студентів денної форми навчання.

У 1946 р. почало функціонувати відділення електрифікації сільського господарства. 

З 1952 р. функціонує заочна форма навчання за спеціальністю «Механізація сільського господарства».

У 1996 р. почали проводити набір студентів за ОР «Бакалавр». Факультет інженерії та енергетики вважається найдавнішим у навчальному закладі.

У 1998 р. відділення електрифікації сільського господарства реорганізовано у відділення електрифікації і автоматизації сільського господарства для підготовки молодших спеціалістів та бакалаврів.

У 2001 р., з метою забезпечення аграрного сектору північного регіону України висококваліфікованими фахівцями, на базі агротехнічного коледжу створено Ніжинський агротехнічний інститут Національного аграрного університету. Саме тому відділення механізації було реорганізовано у факультет механізації сільського господарства, деканом якого призначено В. І. Василюка, а відділення електрифікації й автоматизації сільського господарства — у факультет електрифікації й автоматизації сільського господарства на чолі з А. Г. Кушніренком.

Під час створення факультетів велику допомогу й моральну підтримку надав колектив Національного аграрного університету, особливо директор Навчально-наукового технічного інституту, к.т.н., проф., чл.-к., акад. Академії інженерних наук України, заслужений працівник народної освіти України, кавалер ордена «Знак Пошани», лауреат премії імені Г. Котляревського Д. Г. Войтюк.

У 2015 р., у зв’язку з реструктуризацією, факультети об’єднано і створено факультет інженерії та енергетики, який очолив к.т.н., доц. В. І. Василюк.

У 2017 р. деканом факультету став к.т.н., доц. А. Г. Кушніренко.

Сьогодні факультет готує фахівців ОС «Бакалавр» і «Магістр» за спеціальностями «Агроінженерія», «Електроенергетика, електротехніка та електромеханіка». Підготовку студентів здійснюють на денній та заочній формах навчання.

У структурі факультету функціонують такі кафедри:

• агроінженерії (завідувач — доцент, к.т.н. Микола ІКАЛЬЧИК);
• електроенергетики, електротехніки та електромеханіки (завідувач — доцент, к.т.н.  Роман КАЛІНІЧЕНКО);
• природничо-математичних та загальноінженерних дисциплін (завідувач — доцент, к.т.н. Тетяна КРЕСАН);
• транспортних технологій (завідувач — доцент, к.т.н. Олександр ТОЛОК).