Центр створено за наказом ректора №242 від 21.03. 2011 р. на підставі рішення Вченої ради НУБіП України від 23 лютого 2011 р. (протокол №7) шляхом реорганізації ННЦ незаразних хвороб тварин, який існував з 24.12.2001 р. Центр очолювали: у 2001-2002 рр. – проф. Любецький В.Й., 2002-2004 рр. – професор Яблонський В.А., 2004-2012 рр. – доцент Лакатош В.М. З 2012 р центр очолює професор Духницький В.Б.
Центр створений за галузевим принципом шляхом об’єднання близько-профільних кафедр ННІ, проблемних науково-дослідних і навчальних лабораторій з метою концентрації зусиль у розв’язанні тієї чи іншої навчальної або наукової проблеми.
Діяльність центру спрямована на підвищення результативності навчальної роботи, наукових досліджень та впроваджувальної діяльності, поліпшення фінансового, матеріально-технічного забезпечення кафедр, навчальних та науково-дослідних лабораторій Центру, підвищення рівня професійної майстерності працівників Центру.